秦纮的罢官，引起了朝野上下普遍的不满，以吏部尚书王恕为首的百余名官员联名保奏，数月后，秦纮才被改为南京户部尚书。西北边衅又起，鞑靼铁骑侵入陕西花马池，在孔霸沟大败明军，直抵平凉，西北震动，孝宗以秦纮久著威名，虽年老但仍可任用，起授他为户部尚书兼右副都御史，总制三边军务。</p>

秦纮闻命后，以七十六岁高龄星夜驰抵固原，担负起总制三边，镇守西北的重任。他到任后，首先察看了延绥、固原、宁夏三镇的形势，到战场祭奠了阵亡将士的英灵，上奏其录用为国捐躯的指挥朱鼎等五人，抚恤战死者的家属，逮治了败将杨琳等四人之罪，更换守将，挑选壮士，兴设屯田，重申号令，使军威大振。</p>

其次，他重新调配了三镇防务，强化了各镇的管理。三镇以固原地处最前线，只要固原稳固，其他各镇便可虞。秦纮首先增加固原守军数量。修缮城廓，招徕商贾，繁荣经济，自己驻在固原，稳定全军之心，使固原岿然成为一大重镇。临洮、巩昌、甘州、凉州边军原先皆轮番赴延绥、固原防边，劳军伤财，秦纮令各镇返归本镇，重新选拔知兵宿将防守其地，人以戍为家，军以将为命，不再轮番远戍。</p>

其三，开垦荒田，屯垦助边，秦纮见固原以北延袤千里，闲里数十万顷，便沿边每二十里筑一堡。每堡五百人，一边戍边，一边垦荒种地。军人不足则自内地募人，岁得粮五十万石，完全满足了官军所需。其四，修筑三边城堡一万四千余所，垣堑六千多里。最后，秦纮在任上又创制了战车“全胜车”，战时可以御敌，平时可用于运输，颁行诸边，使西北边务大为整饬。史称秦纮“在事三年，四镇晏然，前后经略西陲者莫及”。</p>

秦纮以年老多次请求致仕，孝宗获准，下诏赐敕书，命他乘驿车返回家乡，月粮供应和奴仆岁役一如旧制。秦纮在故乡逝世，享年八十岁，朱厚照按例赐其祭葬，追赠少保，谥号“襄毅”。</p>

秦纮的家奴因对秦竑的内弟杨瑾不满，借秦纮送内弟火炮之事向校尉告密，诬陷杨瑾收藏违禁军器，权宦刘瑾归怒于秦纮，抄其家，什么没得到，言官张九叙、涂敬等又承刘瑾之意弹劾秦纮，士大夫对此事嗤之以鼻。</p></div>